Para la identificación de los conflictos socioambientales asociados al agua se partió del Estado del Arte del análisis de conflictos en el área, adelantando la lectura de los principales estudios realizados a la fecha. De esta manera se identificaron como conflictos en la cuenca del Lago de Tota los siguientes:

• Concepción del Lago como objeto de explotación frente a concepción del Lago como ser vivo, sujeto de derechos.
• Uso del agua para consumo humano y para diferentes actividades productivas (agricultura, piscicultura, turismo) frente a preservación de servicios ambientales de la cuenca del Lago de Tota.
• Uso del agua dentro de la cuenca, frente a uso del agua fuera de la cuenca.
• Toma de decisiones unilaterales o desde intereses particulares e incumplimiento de normas establecidas frente a estrategias para la gobernanza.